2025年南京市停产停业损失补偿政策全解读(详细完整版)

　　南京作为长三角特大城市、国家东部地区重要中心城市，其停产停业损失补偿政策以“保障经营主体合法权益、服务城市高质量发展”为核心，依托《民法典》《国有土地上房屋征收与补偿条例》，结合《南京市国有土地上房屋征收与补偿办法》(市政府令第318号及2025年修订版)、《南京市城市更新实施办法》《南京江北新区产城融合发展补偿细则》等地方性法规，形成了覆盖国有/集体土地、多元经营业态、重点产业集群的差异化补偿体系。本文整合南京市住建、规划资源、财政、税务等部门最新政策及典型司法案例，系统拆解补偿资格、计算标准、申请流程等关键环节，为企业、个体工商户及相关经营主体提供精准指引。

　　一、政策核心依据与适用边界

　　南京停产停业损失补偿实行“国家法规兜底、省级标准衔接、市级细则落地”的分级管理模式，政策适用场景覆盖城市更新、房屋征收、产业升级、重点项目建设等全领域，同时兼顾江北新区、紫东科创走廊等重点片区的特殊需求。

　　1. 核心政策文件体系

　　国家级：《国有土地上房屋征收与补偿条例》(国务院590号令)，确立“公平补偿、程序正当、结果公开”的基本原则;

　　省级：《江苏省国有土地上房屋征收与补偿办法》(省政府令第121号)，明确省级统筹要求与地方自主调整权限;

　　市级核心：《南京市国有土地上房屋征收与补偿办法》(2025年修订)、《南京市城市更新项目停产停业损失补偿指导意见》，细化补偿标准、操作流程及争议处理规则;

　　专项政策：《南京江北新区重点产业企业搬迁补偿办法》《南京软件谷企业停产停业损失核算细则》《南京市集体土地征收补偿安置办法》，针对重点片区、特色产业制定倾斜政策;

　　司法参考：《南京市中级人民法院房屋征收补偿纠纷审理指南(2025)》，明确补偿分配、异议处理的裁判标准。

　　2. 适用范围与特殊情形

　　覆盖南京市行政区域(含11个区及江北新区、经开区、高新区等功能园区)内因下列情形导致合法经营中断的经营主体，包括企业法人、个体工商户、农民专业合作社、民办非企业单位及其他合法经营组织：

　　国有土地上房屋征收(如轨道交通、过江通道等重大基础设施项目、老城区改造);

　　集体土地征收与流转(城中村改造、城乡结合部综合整治、乡村振兴项目);

　　城市更新项目(开发商主导的旧厂改造、历史风貌区保护更新、老旧街区提升);

　　产业园区升级(工业园区“退城进园”、科创园区扩容提质、物流园区转型);

　　重点片区：江北新区、紫东科创走廊、南京软件谷、江宁经开区等实行专项补偿标准，补偿上限可上浮20%-30%。

　　注意：临时建筑(使用期限届满)、违法建筑(未取得建设工程规划许可证或未按许可建设)、征收公告发布后擅自开业或扩大经营规模的主体，以及仅用于居住未实际经营的房屋所有权人，不享受停产停业损失补偿;经营场所存在安全隐患且未整改的，暂缓补偿资格认定。

　　二、补偿资格认定：6项核心条件，实质与形式双重审查

　　南京实行“形式合规+实质经营”的双重资格认定机制，经营主体需同时满足以下条件，方可纳入补偿范围。2025年新规特别强化了“产业适配性”与“可持续经营”的核查要求，助力优质产业留存。

　　1. 房屋用途与经营场所合规

　　基础要求：被征收房屋规划用途为非住宅(商业、工业、办公、仓储、餐饮等)，或虽为住宅但已依法办理“住改商”手续;

　　“住改商”特殊规定：2010年7月1日前已实际用于经营，且办理工商登记、税务登记，无违法搭建、消防安全隐患的，按商业用途的50%-60%核算补偿;2010年7月后“住改商”未取得规划部门批准的，不予认可，但实际经营满5年且纳税规范的，可按住宅用途的2倍给予适当补助;

　　产业园区房屋：入驻重点产业园区的企业，房屋用途需与园区产业定位一致(如软件谷企业需从事软件研发相关业务)，擅自改变用途的，按原用途标准的40%-60%补偿。

　　2. 经营资质齐全有效

　　核心要求“证照齐全、地址一致、范围匹配、状态正常”：

　　持有有效营业执照，注册地址与被征收房屋地址完全一致(地址变更的需提供市场监管部门的变更核准通知书，分支机构需提供总公司授权文件);

　　特殊行业需具备对应行政许可：餐饮企业需有食品经营许可证，医药企业需有药品经营许可证，危险化学品企业需有安全生产许可证等;

　　资质状态：无被吊销、注销、暂扣记录，经营范围与实际经营内容一致(如营业执照登记“电子设备制造”，实际经营电子产品销售的需提供补充说明材料)。

　　3. 经营行为真实持续

　　征收部门通过“资料核查+实地勘查+第三方审计”三重方式确认真实性，具体标准：

　　时间要求：征收公告发布前12个月内至少有9个月处于正常经营状态(季节性经营企业按经营旺季6个月标准)，需提供近9个月的生产台账、销售合同、银行流水(月均流水不低于经营面积×区域最低营收标准，如一类区域商业用房不低于250元/㎡·月);

　　实地佐证：经营场所内有实际经营设施(生产线、展柜、办公设备等)，近3个月员工考勤记录、工资发放凭证(需银行代发记录)，以及经营痕迹(销售单据、客户合同、纳税凭证等);

　　例外情形：新注册企业(经营未满9个月)因征收无法开业的，需提供投资协议、设备采购发票(单台设备价值≥5万元)、场地装修合同，按同行业平均标准的50%-70%补偿;疫情期间受影响企业，可凭防疫部门证明适当放宽经营时长要求。

　　4. 权属或租赁关系清晰

　　明确补偿权益归属，避免租赁双方、产权人与实际经营者之间的纠纷：

　　自有房屋经营：提供不动产权证书，所有权人为企业法人或其核心股东(持股≥51%)，或个体工商户经营者本人;

　　租赁房屋经营：需提供合法有效的租赁合同(租赁期限覆盖征收公告发布日)，合同未约定补偿归属的，停产停业损失补偿优先归承租方(实际经营者);

　　园区入驻经营：提供与园区运营方签订的正式入驻协议，协议需明确补偿权益，园区不得以“管理费”“服务费”名义截留补偿款，截留比例不得超过补偿总额的5%。

　　5. 依法纳税与员工参保

　　纳税要求：提供近6个月的完税凭证(增值税、企业所得税或个人所得税)，免税企业需提供税务部门出具的免税证明;无纳税记录的小微企业或个体工商户，按定额标准的40%-60%补偿;

　　参保要求：按规定为员工缴纳社会保险，参保人数与经营规模匹配(如150㎡商业用房至少参保1人，800㎡工业用房至少参保4人)，需提供近3个月社保缴纳明细;劳务派遣员工需提供派遣协议及社保缴纳证明。

　　6. 产业适配性要求

　　2025年新规新增产业适配性审查，重点支持南京“4+4+1”现代产业体系(软件信息、智能电网、生物医药等)：

　　重点产业企业：属于南京重点发展产业目录的，优先认定补偿资格，补偿标准可上浮;

　　限制类产业企业：属于高耗能、高污染的限制类产业，补偿资格需经专项评审，补偿标准下浮20%-30%;

　　淘汰类产业企业：属于国家或地方明确淘汰的产业，不予认定补偿资格。

　　三、补偿金额计算：“基础补偿+专项补助+奖励”三重体系(2025年最新标准)

　　南京实行“定额补偿、收益法补偿、市场比较法补偿并行，专项补助与奖励叠加”的计算模式，经营主体可选择对自身最有利的核算方式(收益法或市场比较法结果高于定额标准时，按较高者核算)。2025年新规重点提高了软件企业、生物医药企业、“专精特新”企业的补偿比例及补偿期限。

　　1. 基础定额补偿：按区域、用途分级核算

　　适用于小微企业、个体工商户及财务数据不完整的经营主体，按被征收房屋建筑面积计算，补偿期限根据经营类型确定：商业、餐饮企业6-9个月，工业、仓储企业9-12个月，重点产业企业可延长至15个月。

　　区域等级商业/餐饮用房(元/㎡·月)工业/仓储用房(元/㎡·月)办公用房(元/㎡·月)覆盖区域

　　一类区域500-700200-300250-350玄武区、秦淮区、建邺区核心地段，鼓楼区中心商圈，江北新区核心区

　　二类区域350-500140-200180-250雨花台区、栖霞区、江宁区核心地段，浦口区珠江镇周边，六合区雄州街道核心区

　　三类区域200-35090-140120-180溧水区、高淳区核心地段，各区县乡镇区域，产业园区周边

　　示例：秦淮区核心商圈某餐饮商铺(面积100㎡，一类区域商业用房)，补偿期限按9个月计算，定额补偿=100㎡×600元/㎡·月×9个月=54万元。

　　2. 收益法补偿：规上企业与稳定经营主体的精准核算

　　适用于规模以上企业、“专精特新”企业及经营稳定、财务数据完整的经营主体，核心是核算实际经营损失，2025年新规明确规上企业补偿期限最长可达18个月。

　　(1)核心计算公式

　　补偿总额 = (月均经营利润 + 月均固定成本)× 补偿期限 - 停产期间可变成本节约额 + 无形资产损失补偿

　　(2)关键参数界定(附案例)

　　月均经营利润：近3年经第三方审计的净利润平均值(经营不满3年按实际经营期限计算，新投产企业可参考同行业平均利润);案例：江宁经开区某规上智能装备企业2022-2024年净利润分别为800万、950万、1100万，月均经营利润=(800+950+1100)÷3÷12≈79.17万元;

　　月均固定成本：包括房屋租金、设备折旧、管理人员工资、贷款利息、物业费等停产期间仍需支付的费用，需提供租赁合同、工资表、贷款合同等佐证;案例：上述企业月均固定成本为50万元;

　　补偿期限：商业企业6-12个月，工业企业12-16个月，高新技术企业、“专精特新”企业15-18个月(需提供对应证书及研发项目证明);案例：该企业为国家级“专精特新”小巨人企业，补偿期限按18个月计算;

　　可变成本节约额：停产期间无需支付的原材料采购费、一线员工绩效工资、水电费等，按近3年平均月可变成本计算;案例：该企业月均可变成本25万元;

　　无形资产损失补偿：高新技术企业、文化企业的专利、商标、版权等无形资产，按无形资产评估价值的35%-45%补偿;案例：该企业无形资产评估价值800万元，无形资产损失补偿=800×40%=320万元;

　　最终补偿：(79.17+50)×18 - 25×18 + 320 = 2315.06万元，远高于同面积工业用房定额补偿(约21.6-32.4万元)。

　　3. 专项补助与奖励：2025年重点产业倾斜政策

　　专项补助与奖励可与基础补偿叠加享受，重点支持南京重点产业发展，具体包括：

　　高新技术企业补助：按基础补偿额的20%-30%追加补助，需提供高新技术企业证书、近3年研发投入证明(研发费用占比≥5%);

　　“专精特新”企业补助：国家级“专精特新”小巨人企业按实际损失的25%补助，省级按20%补助，市级按15%补助，需提供工信部门认定文件;

　　软件与生物医药企业补助：属于南京软件信息、生物医药产业目录的企业，额外按基础补偿额的15%-20%补助，需提供产业认定文件;

　　员工安置补助：按参保员工人数计算，每人给予6个月南京最低工资标准补助(2025年南京最低工资标准为2480元/月)，需提供社保缴纳凭证;案例：某企业参保100人，员工安置补助=100×2480×6=148.8万元;

　　搬迁奖励：在征收协议约定期限内完成搬迁的，奖励补偿总额的6%-10%;提前搬迁的(每提前10天)额外奖励1%，最高奖励15%;案例：上述智能装备企业提前20天搬迁，获奖励=2315.06×(10%+2%)=277.81万元;

　　特殊设备搬迁补助：对精密仪器、大型生产设备，按设备重置价的18%-25%给予搬迁及精度校准补助，需提供设备评估报告、购置发票;

　　绿色转型补助：企业搬迁后采用绿色生产技术或设备的，按设备投资总额的10%-15%给予补助，需提供绿色技术认证文件。

　　四、补偿款支付与分配规则(2025年司法明确要点)

　　南京通过“支付时限刚性约束、分配权责清晰界定”的规则，保障实际经营者的合法权益，有效化解租赁双方、产权人与经营者之间的补偿纠纷，2025年新规进一步强化了对承租方权益的保护。

　　1. 支付主体与时限

　　支付主体：国有土地征收由市或区(县)房屋征收部门支付;城市更新项目由开发建设单位支付;集体土地整备由街道办或村集体经济组织支付;

　　支付节点：补偿协议生效后7个工作日内支付50%补偿款作为预付款;经营主体完成搬迁并办理房屋交接手续后，10个工作日内支付剩余50%;

　　逾期责任：支付方逾期未支付的，按同期LPR的2倍支付违约金(2025年11月LPR为3.45%，即违约金率6.9%)，逾期超过30天的，需额外支付补偿总额15%的赔偿金。

　　2. 补偿分配争议解决(核心规则)

　　依据《南京市中级人民法院2025年房屋征收补偿典型案例汇编》，明确“实际经营优先受偿、产权人合理补偿”原则：

　　停产停业损失补偿：90%归实际经营者(承租方)所有，10%归房屋所有权人(出租方);租赁双方另有约定的，从其约定，但约定损害实际经营者权益的除外;

　　装修装饰补偿：按“谁投资、谁受益”原则分配，承租方需提供装修合同、付款凭证等证据，无充分证据的，按租赁期限比例分配(如租赁8年，已使用5年，承租方获37.5%);

　　出租方义务：需配合承租方办理补偿申请手续，提供租赁合同、房屋权属证明等材料，故意拖延或截留补偿款的，需双倍返还截留金额，并承担承租方因此产生的律师费、诉讼费等损失;

　　争议案例：鼓楼区某租赁商铺拆迁，出租方截留承租方停产停业补偿450万元，法院判决出租方返还450万元并支付违约金40.5万元，同时承担承租方律师费12万元。

　　五、完整申请流程：9步实操指南(附材料清单)

　　南京实行“线上全程网办、线下一窗受理”的便捷服务模式，经营主体需在征收公告发布后30日内启动申请流程，逾期未申请视为自动放弃补偿权益。2025年新增“政策专员一对一指导”服务，重点企业可享受绿色通道。

　　1. 申请启动(1-3天)

　　通过“南京市房屋征收管理服务平台”(http://zjj.nanjing.gov.cn/fwpt/)线上提交《停产停业损失补偿申请表》，或到项目所在地的区(县)房屋征收服务中心线下提交书面申请，申请需法定代表人(经营者)签字并加盖公章(个体工商户签字即可)。重点企业可联系属地征收部门申请政策专员指导。

　　2. 提交核心材料(4-12天)

　　(1)必交材料

　　《停产停业损失补偿申请表》(系统生成或现场领取模板);

　　营业执照副本、相关行业经营许可证(特殊行业);

　　不动产权证书(自有房屋)或备案的租赁合同(租赁房屋);

　　法定代表人(经营者)身份证明、授权委托书及受托人身份证明(委托办理时);

　　近6个月完税凭证、近3个月社保缴纳明细;

　　经营场所现场照片(含门头、内部设施、员工在岗场景，不少于8张)及视频(1分钟内)。

　　(2)选交材料(按需提供)

　　收益法核算材料：近3年审计报告、财务报表、销售合同、生产台账;

　　专项补助材料：高新技术企业证书、“专精特新”认定文件、研发项目批复、产业目录认定文件;

　　“住改商”材料：2010年7月前的工商登记证明、纳税记录、街道办或社区出具的经营证明;

　　设备与无形资产补助材料：设备购置发票、评估报告、精度检测证明、专利证书、商标注册证、无形资产评估报告;

　　重点企业证明材料：规上企业证明、龙头企业认定文件等。

　　3. 材料初审(13-15天)

　　区(县)征收部门在3个工作日内完成材料初审，审核不通过的出具《材料补正通知书》，明确补正内容及期限(需在7日内补正);审核通过的，出具《受理通知书》并启动评估程序。重点企业材料审核实行“优先办理”，审核时限缩短至2个工作日。

　　4. 评估机构选定(16-18天)

　　由征收部门组织经营主体、房屋所有权人共同选定具备资质的评估机构;无法达成一致的，通过摇号方式确定，并在征收现场及线上平台公示3个工作日。

　　5. 现场勘查与评估(19-28天)

　　评估机构组织2名以上注册评估师持工作证现场勘查，核实经营面积、设备数量、经营状态等，形成《现场勘查记录》，需经营主体负责人签字确认(拒绝签字的，评估机构注明情况并邀请第三方见证后可继续评估)。勘查完成后10日内出具《停产停业损失评估报告》。

　　6. 评估报告公示与异议处理(29-35天)

　　征收部门将评估报告在平台及征收现场公示10个工作日，公示内容包括补偿金额、计算依据、评估机构资质等。

　　无异议：经营主体签署《评估结果确认书》;

　　有异议：在公示期内提交书面异议及佐证材料，评估机构需在3日内书面回复;对回复不满意的，可向南京市房地产评估专家委员会申请鉴定(15日内出具鉴定意见，为最终依据)。

　　7. 补偿协商(36-38天)

　　征收部门组织经营主体、房屋所有权人就补偿金额、支付时限、搬迁期限等核心条款进行协商，协商达成一致的，进入协议签订环节;协商不成的，征收部门出具《补偿安置决定书》。

　　8. 签订补偿协议(39-40天)

　　公示无异议或异议处理完毕后，经营主体与征收部门(或开发单位)签订《停产停业损失补偿协议》，明确各方权利义务。重点企业可根据实际情况协商分期搬迁、过渡性经营补助等条款。

　　9. 领取补偿款(协议生效后)

　　按协议约定的支付节点，通过企业对公账户(或个体工商户本人银行卡)领取补偿款，不支持现金支付。补偿款到账后，征收部门将通过短信或平台消息告知经营主体。

　　六、争议解决机制：6条维权路径(附时限要求)

　　南京建立“调解优先、多元化解、快速响应”的争议解决体系，2025年数据显示，行政调解成功率达65%，有效缩短了维权周期，降低了经营主体的维权成本。

　　1. 行政调解(首选路径)

　　对资格认定、补偿金额有异议的，可向项目所在地的区(县)房屋征收部门申请行政调解，调解周期为15天，达成一致的签订《调解协议书》，具有法律效力。重点企业调解实行“专人跟进”。

　　2. 专家鉴定(评估争议专属)

　　对评估报告有异议且对评估机构回复不满意的，向南京市房地产评估专家委员会申请鉴定，专家委员会由7-9名专家组成，15日内出具《鉴定意见书》，评估机构需按鉴定意见调整评估结果。

　　3. 行政复议(60日内)

　　对征收部门作出的补偿决定、资格认定结论不服的，可在60日内向本级人民政府或上一级主管部门申请行政复议，要求撤销或变更原决定。

　　4. 行政诉讼(6个月内)

　　对行政复议结果不满意或不愿申请复议的，可在6个月内向房屋所在地的人民法院提起行政诉讼，提交补偿协议、评估报告、异议材料等证据，法院审理时优先参照南京中院的裁判规则。

　　5. 仲裁(按协议约定)

　　租赁双方或产权人与经营者在合同中约定仲裁条款的，补偿争议可向约定的仲裁机构申请仲裁，仲裁裁决为终局裁决，具有强制执行效力。

　　6. 信访与投诉举报

　　对征收部门工作人员不作为、乱作为等行为，可向南京市住建部门信访投诉(投诉电话：025-52317777)，住建部门在10日内予以回复处理。

　　七、2025年热点问题官方解答(12类特殊情形)

　　1. 历史遗留工业建筑能获补偿吗?

　　能。已通过南京市历史遗留建筑普查认定(取得《历史遗留建筑认定书》)的工业建筑，按对应区域工业用房标准的90%补偿;未认定但能提供1985年前建成证明(如建设审批材料、航拍图、税务登记记录)的，按80%补偿;1985-2000年间建成的，按70%补偿。

　　2. 连锁经营企业多门店被征收，如何补偿?

　　按门店分别补偿，每个门店需提供独立的营业执照(或分支机构登记证)、财务报表、纳税记录，证明其独立经营;总公司因多门店停业导致的管理损失，可凭总部财务审计报告申请补充补偿，补偿金额不超过单门店最高补偿额的50%。

　　3. 因市场波动导致利润下滑，收益法如何核算?

　　可提供市场波动相关证明(如行业协会报告、政府发布的市场分析数据、同行业利润对比数据)，评估机构需剔除异常波动影响，按近3年正常经营周期的平均利润核算，参考《南京市房屋征收评估技术规范(2025)》中“利润修正系数”标准调整。

　　4. 租赁期已满但实际经营，能获补偿吗?

　　能。需提供近6个月租金支付凭证、水电费单据、经营记录，且出租方书面确认无租赁纠纷的，可按实际经营者身份申请补偿;出租方拒绝确认的，可通过提交实际经营证据(如员工劳动合同、客户合同)由征收部门联合市场监管部门核实认定。

　　5. 外资企业与本土企业补偿标准一致吗?

　　一致。符合《外商投资法》的外资企业，享受与本土企业同等的补偿标准，额外可按补偿总额的10%-15%享受跨境经营衔接补助，需提供外资批准证书、外汇结算证明、跨境业务合同等材料。

　　6. 疫情后恢复经营企业被征收，有特殊支持吗?

　　有。疫情后恢复经营不满12个月的企业，经营时长要求可放宽至征收公告发布前6个月内有4个月正常经营，补偿标准可按对应标准的80%-90%执行;凭疫情期间政府扶持政策享受证明，可额外获得基础补偿额5%的补助。

　　7. 企业搬迁后短期内再遇征收，能重复补偿吗?

　　能，但需间隔3年以上，且新经营地址满足补偿资格;间隔1-3年的，按实际损失的50%-70%补偿;间隔不足1年的，按实际损失的30%-50%补偿，具体比例根据搬迁投入、经营恢复情况确定，避免重复套取补偿。

　　8. 未参保员工的安置费用由谁承担?

　　由实际经营者承担主要责任，出租方承担连带补充责任。未参保员工无法享受政府发放的安置补助，实际经营者需按南京最低工资标准的3倍向未参保员工支付一次性安置费，征收部门可从补偿款中代扣代缴。

　　9. 历史风貌区内的经营用房有特殊补偿吗?

　　有。位于历史风貌区内的合法经营用房，补偿标准可按对应区域标准上浮15%-20%;属于非遗传承、特色老字号的经营主体，额外按基础补偿额的10%给予文化传承补助，需提供非遗认定证书、老字号证明等材料。

　　10. 小微企业财务数据不完整，如何核算补偿?

　　可采用“成本核算法”替代收益法，以近12个月的经营成本(房租、人工、水电等)为基础，按成本的1.2-1.5倍核算月均损失，补偿期限按对应经营类型标准执行;需提供成本支出凭证(如发票、收据、银行流水)，由第三方审计机构核实。

　　11. 集体土地上的农家乐、民宿能获补偿吗?

　　能。依法取得乡村旅游经营许可、营业执照的农家乐、民宿，按对应区域商业用房标准的70%-80%补偿;具备星级评定的，按星级上浮5%-15%(五星级最高上浮15%)，需提供星级证书、卫生许可等材料。

　　12. 补偿款需缴纳税费吗?

　　无需缴纳增值税及个人所得税。根据《财政部 税务总局关于房屋征收补偿有关税收政策的通知》，经营主体取得的停产停业损失补偿款，免征增值税及个人所得税;企业所得税可按规定在计算应纳税所得额时扣除相关损失后缴纳。